Die moderne Systematik wurde von dem schwedischen Botaniker Carl Linnaeus (1707–1778) begründet. Ein Geheimnis seines Erfolges war die Standardisierung aller denkbaren Aspekte der Systematik. Mithilfe einer Reihe klarer Regeln verhinderte er ein drohendes Durcheinander bei Benennungen und Zuordnungen. Zu seinen Innovationen gehörte die Einführung einer ausgereiften Terminologie und Methode der Beschreibung, die präzise Diagnosen im Telegrammstil ermöglichten. Die Benennung der Arten reformierte er mit der binären Nomenklatur. Seit Linnaeus werden alle biologischen Arten analog zum Vor- und Familiennamen eines Menschen durch die Verbindung von Gattungsnamen mit einem die Art bezeichnenden Zusatz charakterisiert, z. B. Homo sapiens. Vorher hatten die wissenschaftlichen Namen oft aus umständlichen Kurzdiagnosen mit mehreren Wörtern bestanden.

Ein außerordentlich wichtiger Fortschritt war auch, dass Linnaeus das Tier- bzw. Pflanzenreich jeweils in ein hierarchisch aufgebautes System ordnete, das vier Ebenen zunehmender Allgemeinheit aufwies: Art, Gattung, Ordnung und Klasse. Dies gab seinem System eine enorme Übersichtlichkeit, und es bereitete den Boden für die Erkenntnis, dass das Natürliche System die gemeinsame Abstammung der Organismen repräsentiert.

Linnaeus’ Leidenschaft war die Klassifikation. Er hat nicht nur Pflanzen und Tiere, Mineralien und Krankheiten, sondern auch seine Fachkollegen, die Botaniker, klassifiziert. Klassifikationen hatten für ihn den Zweck, Individuen rasch und sicher identifizieren und benennen zu können. Dazu ist es notwendig, gut definierbare, beständige Merkmale zu benutzen. Die vegetativen Teile der Pflanzen stellen nun oft spezielle Anpassungen an die Umweltbedingungen (Analogien) dar und variieren in bestimmten Gruppen stark. Demgegenüber bleibt die Zahl der Staubgefäße und Griffel in einer Blüte trotz äußerlicher Anpassungen meist konstant und eignet sich deshalb als Grundlage der Klassifikation. Linnaeus hat sich diese Tatsache in seinem Sexualsystem der Blütenpflanzen, einem künstlichen System, zunutze gemacht (1751). Die primäre Einteilung wird nach der Zahl der Staubgefäße vorgenommen, die weitere Untergliederung in Ordnungen erfolgt gemäß der Zahl der Griffel. Bei den Tieren unterschied Linnaeus die Klassen der Säugetiere, Vögel, Amphibien, Fische, Insekten und Würmer, eine Einteilung, die an diejenige von Aristoteles erinnert (Linnaeus 1758–59).

Mit Linnaeus’ Systema Naturae (10. Aufl., 1758–59) begann ein Jahrhundert beispielloser Aktivitäten in der Systematik. Die Suche nach neuen Arten, ihre Einordnung und Benennung standen in höchstem Ansehen und führten zu weitgehender Spezialisierung und Professionalisierung der Systematik. Man wandte sich neuen Tier- und Pflanzengruppen zu, die Botaniker den blü­ tenlosen Pflanzen, die Zoologen den wirbellosen Tieren. Und man begab sich auf die Suche nach dem Natürlichen System›. Linnaeus und seine Zeitgenossen waren sich darüber im Klaren, dass die mit ihren Methoden erzielten Klassifikationen vielfach künstlich waren, d. h. nicht die innere Ordnung der Natur wiedergaben, sondern von Menschen gemachte Konventionen darstellten. Worin aber besteht die natürliche Ordnung der Lebewesen?